Depuis quelques jours déjà, la plateforme de dépistage à haut débit de la covid, installée au sein du pôle biologie-pharmacie du CHU de Poitiers, a vu son activité augmenter fortement. Entre 1 500 et 2 000 tests sont traités quotidiennement.
Une plateforme pour des tests de dépistage massif
Avant l’arrivée de la plateforme de dépistage haut débit, les tests étaient réalisés par le laboratoire de microbiologie moléculaire et séquençage du CHU de Poitiers. Ainsi, pendant la crise sanitaire, une équipe de sept techniciens, renforcée par des techniciens du pôle et des équipes de recherche fondamentale, s’est relayée sur des plages horaires extrêmement importantes pour assurer les analyses des prélèvements qui sont montées jusqu’à 600 par jour à de nombreuses reprises.
Dans l’objectif national d’assurer des dépistages massifs de la population au sortir du confinement, l’agence régionale de la santé a proposé au CHU de Poitiers[1] au mois d’avril de s’équiper d’une plateforme « haut débit » permettant de réaliser jusqu’à 2 000 tests par jour. L’objectif était de pouvoir faire face à un afflux massif de prélèvements de façon à détecter au plus vite des patients infectés et les isoler afin d’éviter une chaine de transmission.
Le travail préparatoire à l’installation de cette plateforme a été particulièrement intense comme l’a indiqué le professeur Nicolas Lévêque, chef du pôle biologie-pharmacie, avec le recrutement de 19 techniciens. En un mois, il a fallu installer la chaine analytique, recruter et former le personnel, et mettre en place le circuit informatique, de l’enregistrement des échantillons à la restitution du résultat. Mais le pari a été gagné puisque l’équipement est rentré en fonctionnement au moment de la sortie du confinement le 11 mai.
« Nous étions dans une dynamique d’urgence. Tout devait aller très vite. Même s’il y avait une tension ambiante forte liée à la crise, nous étions vraiment impliqués dans ce projet : biologistes, techniciens, secrétaires, ingénieurs, cadres, acheteurs formions une équipe soudée et complémentaire, une équipe pluriprofessionnelle au sein de laquelle chacun a apporté sa compétence » précise Florence Mauvignier, cadre supérieur de santé en charge du projet.
Tristan Rochelle, ingénieur et spécialiste de la biologie moléculaire, Julien Marliat, bientôt ingénieur informatique, et Isabelle Monger, technicienne du laboratoire de microbiologie moléculaire et séquençage, ont été en charge de la mise en place technique de l’équipement[2]. Et la mission n’était pas simple à commencer par les délais extrêmement courts entre la livraison et l’urgence de la mise en fonctionnement du plateau technique. Ils ont eu très peu de temps pour installer, comprendre le fonctionnement et former les techniciens chargés par la suite de réaliser les tests. Sans oublier que les jeunes techniciens recrutés n’étaient pas habitués à traiter un volume aussi important d’analyses dans des délais de rendu aussi courts. Les ingénieurs, en collaboration avec Loic Borot et Raphaël Martineau de la Direction Technique des Laboratoires, ont également dû batailler pour être approvisionnés en réactifs et consommables. De plus, il a fallu aménager un espace adapté, capable d’accueillir une deuxième plateforme si cela se révélait nécessaire. Et effectivement, le CHU de Poitiers va recevoir dans les jours qui viennent un deuxième automate, bien nécessaire au vue du nombre sans cesse croissant de prélèvements covid[3].
Tristan Rochelle, qui travaille habituellement dans le service de cancérologie biologique, s’était porté volontaire dès le début de la crise pour apporter son aide dans l’analyse des tests covid. Il s’est ensuite investi, malgré les contraintes, dans la mise en place et le fonctionnement de l’équipement. « Gérer un projet de A à Z fut une très bonne expérience pour moi. J’en sors grandi » souligne l’ingénieur qui se chargera également de l’installation de la deuxième ligne analytique covid.
Activité importante de la plateforme covid
La plateforme produisait entre 500 et 1000 tests par jour après la sortie du confinement avec quelques pics liés à des dépistages massifs menés par exemple à l’école militaire de Saint-Maixent-l’école. Cela s’est traduit par 3 000 tests à réaliser en trois jours.
Les prélèvements proviennent de la Vienne, des Deux-Sèvres et de Charente. Depuis la fin du mois d’août, entre 1 500 et 2 000 analyses sont effectuées quotidiennement, et cela 6 jours sur 7. Et il est certain que l’activité du laboratoire va aller en augmentant, le nombre de prélèvements ne cessant de croitre également. Le CHU de Poitiers va mettre en place dans les prochains jours trois lignes de prélèvements sur le drive sur des horaires d’ouverture de 8h30 à 16h30, 7/7 jours[4]. On passera ainsi de 60 prélèvements/j à près de 200. A ces prélèvements, s’ajoutent ceux effectués chaque jour par le laboratoire Bio 86 qui dépassent désormais les 1 000 par jour. Face à ce nombre croissant d’échantillons à traiter, il s’agira pour le laboratoire de continuer à fournir les résultats dans les 24h qui suivent le prélèvement. L’activité particulière du plateau technique covid qui dépend du flux des prélèvements impose une réorganisation perpétuelle des effectifs. Florence Mauvignier tient d’ailleurs à souligner la mobilisation et l’implication de tous les personnels, techniciens, ingénieurs, secrétaires, biologistes, acheteurs et cadres des laboratoires – notamment Isabelle Ariès et Nathalie Charpentier – aux besoins et aux contraintes de l’activité. Elle n’oublie pas non plus les nombreux volontaires qui ont proposé leur aide lorsque la plateforme est entrée en fonctionnement. Rien n’aurait été possible, non plus, sans la direction technique des laboratoires dirigée par Michel Sorel qui a permis l’investissement sur les équipements médicaux et les approvisionnements en réactifs et consommables.
Le pôle constitue en ce moment une nouvelle équipe de techniciens, l’ancienne étant composée majoritairement de techniciens poursuivant des études supérieures qui reprennent leurs cours courant septembre. Actuellement, quinze techniciens se relaient 7/7 jours de 7h à 24h, avec à nouveau l’aide de techniciens du pôle. Cet effectif n’est pas suffisant pour faire face à l’activité du laboratoire d’où le besoin urgent de recruter de nouveaux techniciens.
[1] Le CHU de Poitiers fait partie d’un réseau d’établissements répartis sur le territoire national accueillant un tel équipement.
[2] Florent Ribardière, ingénieur à Biospharm, et Alexandre Pavy, de la direction du système d’information du CHU, se sont occupés de la partie informatique.
[3] Les équipements acquis pour le traitement des tests covid pourront être utilisés par la suite pour l’analyse d’autres types de prélèvements.
[4] A terme, les horaires seront de 7h30 à 19h30, 7/7 jours.